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科研人必备的ImageJ(3)—自动计量细胞数

发布时间:2021年08月25日 浏览次数:381

Image J软件完全免费,下载方便。作为一名科研人,每天面对各种让人抓狂的实验数据,如果能熟练运用Image J,对我们的实验结果分析无疑时非常有帮助的。

前两期分别介绍了如何运用image J对细胞荧光强度进行分析以及如何运用Image J对免疫组化进行分析。

今天,就介绍如何通过Image J自动计量细胞数。

在对细胞进行免疫荧光实验后,可能未必有条件去进行流式细胞分析,就拿细胞凋亡实验来说,很难得到一个大致的细胞凋亡率,能给出的结论可能仅仅只是有细胞凋亡现象,细胞凋亡得多或细胞凋亡得少。这实在是很没有说服力的结论。

以下图为例:

 

第一步:导入图片,打开Image J,File→Open:打开要测量的图片

第二步:设定分析影像的阈值,Image→Adjust→Threshold,或快捷键Ctrl+Shift+T

第三步:调整参数,得到最终图片

第四步:选择结果数据,Analyze→Analyze particle

需要注意的是要选择summarize,才会有分析的结果。

设置完成后,点击OK出现数据。

第五步:分析数据

在Summary表单中,我们能看到Count下一共有109个编号

那么,是不是意味着,我们这张图上就有109个细胞呢?很多不连续的点都被当成了细胞,所以实际不然。

就如上面这张图,有很多无效计数。

当然,计数还没完呢,导出Results数据至Excel(Edit→Copy)

需要注意的是Area(面积)一列,方框框选中的小面积即为无效编号,采用Excel筛选功能,刷选出Area值大于1000的数据。

可以看到,筛选结束,共计数73个细胞,与之前预估的74个细胞差别不大。

以上就是本期关于使用ImageJ自动计量细胞数的介绍啦。用了Image J,大大提升了处理实验数据的效率!用了就离不开它! 最后也祝大家实验顺利!

 

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